Pemikiran Gus Dur sangatlah beragam. Mulai dari topik dan kajian tentang Islam, toleransi, sikap inklusif dan humanitarianisme universal, soal Indonesia dan keindonesiaan, kiai, pesantren, dakwah dan pemberdayaan masyarakat, pribumisasi dan pembaruan islam, demokrasi dan civil society, gagasan-gagasan pendidikan, ekonomi kerakyatan, pelestarian lingkungan hidup dan pembelaan terhadap buruh migr…