Masa pemerintahan Gus Dur ditandai banyak kontroversi. Tidak saja pernyataan-pernyataannya menimbulkan pro-kontra, tetapi juga sikap-sikap politiknya. Salah satu yang menarik untuk dicermati ialah ucapan dan sikap politik Gus Dur menyangkut reposisi/transformasi lembaga TNI/Polri dan kaitannya dengan supremasi sipil.